Jean Marcou est actuellement Professeur des Universités à Sciences Po Grenoble (Université Grenoble Alpes - France) après avoir été pensionnaire scientifique à l’Institut Français d’Études Anatoliennes d’Istanbul (Turquie) où il a dirigé, de 2006 à 2010, l’Observatoire de la Vie Politique Turque (OVIPOT – http://ovipot.hypotheses.org/) et dont il reste chercheur associé. Il est également chercheur associé à l'Institut FMES.
Il a été aussi directeur de la Section francophone de la Faculté d’Économie et de Sciences Politiques de l’Université du Caire (Égypte), entre 2000 et 2006, et coordonnateur du département francophone de Science politique de l’Université de Marmara (Istanbul), de 1988 à 1992.
Il est actuellement directeur des relations internationales de l’IEP de Grenoble et dirige, à Sciences Po Grenoble également, le Master « Intégration et Mutations en Méditerranée et au Moyen-Orient. » Ses principaux champs d’enseignement et de recherche concernent les évolutions politiques turque et égyptienne (Constitutions, élections et partis politiques…), les transitions politiques dans le sud de l’Europe (en Espagne au Portugal et en Grèce), l’Union Européenne, et l’évolution des équilibres politiques au Moyen-Orient (vue notamment au travers des politiques étrangères française, turque et égyptienne). Il est titulaire de la Chaire Méditerranée-Moyen-Orient de Sciences Po Grenoble.